Hiện nay, ở các nước có 3 loại mô hình tổ chức bộ máy quản lý thuế: tổ chức bộ máy theo sắc thuế; tổ chức bộ máy quản lý theo chức năng và tổ chức bộ máy quản lý theo nhóm đối tượng nộp thuế (ĐTNT) (Xem hộp). Mỗi một mô hình tổ chức bộ máy quản lý nói trên đều có những ưu điểm và nhược điểm mà trên cơ sở đó, các nước sẽ lựa chọn tuỳ theo điều kiện và trình độ áp dụng quản lý của từng nước.

 Xu hướng hiện nay về tổ chức của cơ quan thuế các nước là tổ chức chủ yếu dựa trên mô hình chức năng và bổ sung vào cơ cấu chức năng này một tổ chức chuyên biệt về quản lý các ĐTNT lớn. Việc tổ chức cơ quan thuế theo mô hình chức năng ở các nước được phân thành hai khối: khối kỹ thuật và khối hành thu và tố tụng.

Khối kỹ thuật thực hiện việc hướng dẫn, tuyên truyền ĐTNT về thuế môn bài, thuế GTGT, thuế thu nhập doanh nghiệp và các khoản khác; quản lý và khai thác hồ sơ ĐTNT thuế môn bài, thuế GTGT, thuế TNDN. Khối hành thu và tố tụng thực hiện việc khởi tố, hành thu và kế toán, tài liệu (cập nhật việc hành thu). Các Phó Cục trưởng phụ giúp Cục trưởng trong các vấn đề liên hệ. Phó Cục trưởng kỹ thuật thay thế Cục trưởng khi giới chức này vắng mặt.

Đối với nước ta, tại các tỉnh có thể áp dụng bộ máy quản lý thuế theo chức năng với nguyên tắc chính phân theo 3 khối: khối kỹ thuật; khối hành thu và tố tụng; khối thanh tra và kiểm tra (Xem hình vẽ). Việc áp dụng mô hình này ở nước ta có những ưu điểm sau: 1) Giúp cơ quan thuế kiểm soát mức độ tuân thủ của ĐTNT qua từng bộ phận quản lý như: dịch vụ tuyên truyền hỗ trợ ĐTNT; thu nợ, cưỡng chế và kiểm tra, thanh tra thuế để tìm ra các hình thức, nguyên nhân không tuân thủ của ĐTNT như không kê khai, nợ thuế, cố tình kê khai gian lận thuế.... Cho phép cơ quan thuế dễ dàng tổ chức các kế hoạch nâng cao tính tuân thủ của một ĐTNT thông qua việc kiểm tra tất cả các sắc thuế, tuyên truyền ý thức pháp luật về thuế của ĐTNT hoặc kết hợp thu nợ của tất cả các sắc thuế. Mô hình này đặc biệt quan trọng với các nước đang phát triển có nền kinh tế đang chuyển đổi và mức độ tuân thủ pháp luật nói chung và pháp luật thuế nói riêng ở mức thấp, các  chức năng quản lý thuế cơ bản còn đơn điệu, nghèo nàn và không được xây dựng một cách đầy đủ. 2) Cho phép cơ quan thuế tăng hiệu quả làm việc của từng cán bộ thuế và giảm chi phí quản lý cho toàn bộ máy quản lý thuế thông qua việc xoá bỏ các chức năng trùng lắp ở mỗi phòng/ban quản lý thuế theo sắc thuế. 3) Đồng thời, mỗi cán bộ thuế chỉ cần chuyên sâu và chuyên môn hoá một chức năng quản lý thuế, nâng cao kỹ năng làm việc và tạo điều kiện cho cán bộ quản lý thuế theo mức độ chuyên sâu, chuyên nghiệp và hình thành đội ngũ chuyên gia thuế theo chức năng. Mô hình này thiết thực với những cơ quan thuế đang phải đối mặt với sự tăng lên nhanh chóng của số lượng ĐTNT và sự thiếu hụt cán bộ quản lý thuế có kỹ năng. 4) Giảm khả năng thông đồng giữa ĐTNT và cán bộ thuế góp phần củng cố sự trong sạch của đội ngũ cán bộ thuế. Theo kinh nghiệm của một số nước, việc tổ chức bộ máy quản lý thuế theo mô hình chức năng phải đi liền với việc thành lập bộ phận chuyên biệt về kiểm tra nội bộ để đảm bảo việc kiểm tra chính xác, khách quan (nếu kiểm tra nội bộ được thực hiện tách theo từng phòng/ban thì có thể bị can thiệp, điều chỉnh). Tóm lại, mô hình quản lý thuế theo chức năng là mô hình có tính khả thi nhất với nước ta hiện nay trong cải cách hành chính thuế./.